A história de Várzea Paulista começa em 1867, quando os ingleses construíram a estrada de ferro que liga Santos a Jundiaí. A estrada ava por uma várzea campesina, com um saliente acidente geográfico e as águas cristalinas do rio Jundiaí.

O local começou a ser povoado dezenove anos depois da inauguração desse trecho ferroviário, no final do século XIX, mais precisamente em 1886.

O primeiro morador varzino foi Isaac de Souza Galvão, que montou a primeira olaria do local.

Consta que a cidade também participou do ciclo do café, que acabou com a intensa geada de 1878.

A empresa franco-ítalo-suíça Societé des Distilheiries Brasiliennes instalou uma destilaria de álcool em terras varzinas e viveu tempos prósperos até 1888, quando finalmente foi abolida a escravidão. Em 1891 foi inaugurada a Estação Ferroviária, com arquitetura e materiais ingleses.

Em agosto de 1956, o Cartório Civil teve seus livros liberados para assentamentos. O nome do distrito era Secundino Veiga, em homenagem ao jornalista que morreu na época.

O cartório substituiu a denominação de Secundino Veiga para Distrito de Várzea, em alusão ao terreno ribeirinho, baixo e plano, situado às margens de um rio.

No dia 21 de março de 1965 o bairro foi elevado a município de Várzea Paulista. O Paulista no nome da cidade surgiu como identificador de mais uma conquista dos bandeirantes.

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Distrito criado com a denominação de Secundino, pelo Decreto-lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, subordinado ao município de Jundiaí.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Secundino figura no município de Jundiaí.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.

Elevado à categoria de município com a denominação de Várzea Paulista, pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, desmembrado do município de Jundiaí. Sede no atual distrito de Várzea Paulista. Constituído do distrito sede. Instalado em 21-03-1965.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.